奔跑吧兄弟第三季嘉宾城市里连续发生着不可思议的奇怪事件，还有为解决事件聚集起来的拥有特殊力量的少女：修道院里的十四岁孤儿----叶山小十乃、身为偶像的----白藤菜月以及与前世的噩梦战斗的谜之少女----圣三咲。　　想要审判污秽现有世界的人，想要保护现有世界的人，谁代表正义？谁又代表邪恶？　　失去记忆的少年出现了，命运的齿轮分明已经开始转动，新生？毁灭？还是……不可知的未来？