超福音战士昭和125年……突然の石油枯渇から50年、化石燃料で動く自動車や飛行機は全て使い物にならなくなり、世界は電気で走る鉄道社会となっていた。　　鉄道王として世界の経済の中心を担う「旋風寺コンツェルン」の若き総帥「旋風寺舞人」は、父「旭」の遺志を継ぎ、超AIを搭載したロボットたちによる無国籍救助隊「勇者特急隊」を結成。かつて東京湾と呼ばれた場所に築かれたヌーベルトキオシティにうごめく悪に対し、颯爽と戦いを挑んで行く。