黑衣人1未来的地球因缺乏氧气而不适于居住，一位母亲玛雅（珍妮佛哈得孙 饰）与她的女儿佐拉被迫住进地下，只能透过玛雅疑似已死亡的丈夫——大流士所设计的先进氧气装备才能到地表上短暂活动。此时一对神秘男女造访，声称他们知道大流士的去向，玛雅心切地同意他们进入地堡，没想到这对男女的动机并不单纯，玛雅与佐拉必须为自己的生存而战！