大清风云电视剧民国年间，南京接连发生了多桩大案，警官程慈航临危受命，立案侦察。　　程慈航在助手杨玉琼的帮助下，取得证据并抓获绝色女贼李丽兰，但知李的凄惨身世后便网开一面放虎归林。此后李为报程慈航之恩多次协助破案，程慈航也因屡破寄案而声震金陵。严仲甫曾被程慈航责罚而怀恨在心，与前警员沙仲钦多次试谋害程。　　当时政局黑暗，严仲甫即使连赃带证被程抓获，也可安全调离别处，进而成了程的上司，在严仲甫害死程的上司刘敬亭后，悲愤到极的程慈航为答谢刘敬亭的知遇之恩，决意玉石俱焚，击毙严仲甫，自己也在中山陵下钦弹自尽……　　本剧以戏剧的手法叙述真实的案件，曲折离奇，环环相扣。　　红颜报知已，大盗有道，绝色女贼风月无边。　　黑道藏杀机，怜香惜玉，多情神探更是护花使者。